Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
79 Cards in this Set
- Front
- Back
Histoner
|
Histoner är små positivt laddade proteiner som dna cirar sig runt och bildar nuklosomer. Finns H1, H2a,H2b, H3 och H4. Alla förutom H1(linker histone) är core histones. 2 av varje core histones bildar tillsammans en oktamerstruktur (8st) Dna virar sig två varv runt varje oktamer
|
|
Puriner och deras struktur, vilka finns
|
Puriner är två kväveinnehållande organiska ringstrukturer. En sammanlänkad 5- och 6-kols ring. t.ex adenin och guanin
|
|
Tyst mutation?
|
Om t.ex en mutation sker i en del av da som inte ger upphov till ett protein, t.ex i en intron. Eller om mutationen ändå ger upphov till rätt (aminosyra) så det blir rätt protein protein så kallas det tyst mutation
|
|
Linker DNA, hur lång kan den vara?
|
Är mellanrummet mellan nukleosomerna (dna uppvirat på histoner) dnat som sammanlänkar histonerna kallas linker dna. Kan variera i längd från 10 till 10 000 baspar
|
|
Telomerer
|
Är de fria ändarna på en linjeär kromosom (mänskligt genom) TTAGGG. T-loop
|
|
Hur hålls G-C ihop
|
Med tre vätebindingar
|
|
Elongering på lagging strand
|
Helikas snurrar upp dna-helixen. Varje okazakifragment behöver sin egen primer som tillverkas av enzymet primas (pol alfa hos eu.) som rör sig i 5'-3' riktning och gör då och då en kort rna-primer. Då ansluter dna polymeras 3(prokaryot) Delta (eukaryot) till primern och bygger nytt dna. Sen byts primern ut mot dna och slutligen sammanfogar de olika fragmenten av dna-ligas
|
|
Elongering på leading strand
|
Helikas snurrar hela tiden upp strängarna och under elongeringen ansluter olika nukleotider till dna-polymeraset. dna polymeras 3(prokaryot) eller poly-Epsilon (eukaryot) avgör om det är en
nukleotid som passar med mallen eller inte och när den hittat någon som passar elongeras dna strängen. |
|
Vad gör dna polymeras 3?
|
Prokaryot. Syntetiserar den nya dna-strängen, adderar baser till den växande polynukleotidkedjan i 5'-3' riktning. Sker kontinuerligt på leading strand och i okazaki fragment på lagging strand (har olika subenheter)
|
|
Helikas
|
Är ett enzym som arbetar hela tiden i replikationsgaffeln för att snurra upp dna-helixen. Får energi för detta från hydrolys av ATP
|
|
Vad händer kemiskt när DNA syntetiseras av deoxyribonukleotider?
|
Två fosfatgrupper kommer spjälkas bort från den deoxyribonukllelotid som ska hakas fast på dna-kedjan. Den återstående fosfaten binder till OH-gruppen på 3' kolet på den sista sockergruppen i DNA-kedjan. Energi frigörs i.o.m att fosfaterna spjälkas av
|
|
I vilken riktning syntetiseras en ny DNA molekyl?
|
från 5' till 3'
|
|
Vad krävs för att dna polymeras ska kunna syntetisera nytt dna?
|
x En mall som bestämmer vilka nukleotider som ska sättas ihop i vilken ordning (ett templentat)
x Sen behövs en primer som är en bit nysyntetiserat RNA eller DNA (ofta rna tillverkat av proteinkomplexet primas eller DnaG) ' * |
|
DNA polymeras 1
|
Byter ut alla primers på lagging strand mot DNA, syntes, repair, proofreading hos prokaryot
|
|
Kortfattat hur replikationen av dna sker?
|
Väteb. mellan de två strängarna bryts mellan kvävebaserna. sker m.h.a ett enzym. I cellkärnan finns fria nukleotider så nu binder kvävebaserna i varje sträng till nukleotiderna och dna polymeras kopplar ihop dem.
|
|
Topoisomeras 1 och 2
|
De förhindrar spänningar i dna-helixen och motverkar att dnat trasslar ihop sig p.g.a helikas. De binder till dna i närheten av helikas och klyver aningen en fosfodiesterbinding i ena strängen (1) eller båda strängarna (2) och kan sedan fästa dom igen när supercoilingen snurrat ur
|
|
Tautomeri
|
Kvävebasen adenin kan hoppa mellan två tautomera former, dvs att enn dubbelb. kan byta plats på kvävebasen. i den här formen kommer adenin baspara med cytosin istället för till tymin
|
|
proof reading
|
dna polymeras förmåga att dubbelkolla förgående nukleotid att den verkligen passar innan den sätter dit nästa
|
|
Telomeras, vart sker detta
|
På lagging strand sker ju bildningen av den nya strängen bakifrån och då finns inget ställe för primas att fästa primern på. Då finns enzymet telomeras som gör en nya bit dna m. rna som mall (omvänt) Den tillsätter alltså nya ändar (telomerer) på dnat som inte kodar för något. Detta sker bara på lagging strand och på könsceller som måste kunna föröka sig hur många ggr som helst
|
|
Mismatch repair
|
Om en felaktig deoxyribonukleotid tillfogats så kommer den inte baspara lika bra som om det vore rätt. Då kommer enzymer klippa bort felen *
|
|
Vad händer vid för korta telomere?r
|
Telomererna förkortas vid varje celldelning och när det blivit för korta så att man inte längre kan replikera ett helt dna sker apoptos (programmerad celldöd) detta tror man leder till cancer och allmänt åldrande
|
|
Vad gör dna-ligas kemist?
|
Limmar ihop okazakifragmenten genom att katalysera bildningen av en fosfodieseterbinding mellan de olika fragmenten
|
|
Supercoiling
Hur motverkar man detta? |
Ju längre separationen av dna strängarna har gått desto mer tvinnat blir dnat --> supercoiling.
Till slut kan inte helikas snurra upp mer och då klipper topoisomeraserna kedjorna så att de kan snurra ut och fäster dom igen |
|
Clamp. PCNA. Prokaryot och eukaryot
|
PCNA. För att dna-poly inte ska lossna från dna. Clampen sätts dit av en clamp loader (RFC) undre hydrolys av atp.
Prokaryota har också en clamp och clamploader men det sköter pol 3 själv med sina subenheter |
|
Helikas
|
Är ett enzym som binder till origin på dna och snurrar upp kedjorna genom att spjälka väteb med atp som energi
|
|
ORC
|
Eukaryot. Origin recognition complex. Är ett proteinkomplex som binder in till dnas origin. Har en viktig funktion vad gäller regleringen men bidrar också med energi till helikas
|
|
origin, vilka binder dit och vad består ofta origins av
|
stratpunkten på dna för replikation. hit binder orc. origin består främst av a och t eftersom de är med sina två väteb. lättare att separera på
|
|
Replikations starten
|
På dna finns origins som är stratpunkten för replikationen. dit kommer orcs, och proteiner i orcs delar på dna så att rna poly (primas) ska kunna binda in. Helikas binder också dit och snurrar upp kedjorna. Primas gör en primer som dna-poly 3 (hos prokaryot) poly-epsilon (eukrayot leading strand) och poly delta (eukaryot lagging strand) kan binda in till och katalysera polymiseringen där nukleotider binds till templentatet i riktning 5'-3'
|
|
A-T binding?
G-C binding? |
A-T två väteb.
G-C tre väteb. |
|
DNA molekylens storlek och avstånd
|
Har en diameter på 20 å (2nm) mellan två baspar är det 3,4 å. Det går 10 baspar dvs. 34å på ett varv
|
|
Telomerernas baser? Varför finns telomerer?
|
TTAGGG. Som repeteras flera tusen ggr. För att cellen ska känna igen ändarna och inte tro att det är ett brott och försöka koppla ihop dem m. andra kromosomer. Vid varje celldelning finns dem för att ändarna förkortas och på så sätt förkortas telomernerna istället för vårt dna, finns bara telomerer för ett antal celldelningar per cell innan dnat börjar förkortas --> apoptos
|
|
Vad sker vid denaturering av dna? Vad får dna att denaturera?
|
Väteb. mellan kvävebaserna bryts och strängarna separeras vid fel temp eller pH. Sedan om pH eller temp återställs så kan dom återbildas, dvs reaktionen är reversibel
|
|
replikationens tre stadier
|
initiering, elongering och terminering
|
|
Vad är som som utgör dna/rna kedjans ryggrad?
|
Sockerresterna tillsammans med fosfatgrupperna *
|
|
Vad har dna för funktion?
|
Att fungera som mall (templentat) för proteiners transkription.
Att kunna replikera sig själv till två dotterceller. Dessa två tillsammans är den molekylärgentiska dogmen |
|
Vilka dna former finns det?
|
B-dna: finns i cellen, högervriden och snurrar ett varv på 10,5 baspar.
A-dna: också högervriden Z-dna: vänstervriden Ringformad dna: hos bakterier. enkelträngat dna: hos en del virus |
|
Dnas 4 nukleotider
|
dATP, dTTP, dCTP, och dGTP
|
|
Pyrimiderna består av? ex på pyrimider?
|
En kväveinnehållande organisk 6-kolsringstruktur. t.ex tymin, cytosin och uracil
|
|
Vad består en nukleotid av?
|
En kvävebas (A,T,G,C och U)
En sockerrest (pentos: ribos el. deoxyribos) Minst en fosfatgrupp |
|
Dna-poly 1
Dna-poly 2 Dna-poly 3 |
1: Ersätter primers mot DNA, har polymerasaktivitet och proofreading
2: repair av skadat dna 3: Huvudenzymet. Väljer ut vilka fria nukleotider som passar templentatet och sätter fast dem, proofreading |
|
alfa poly
|
gör primers, aktiv främst vid lagging-strand replikation där den göra korta RNA och/eller DNA primers
|
|
Beta poly
|
reparerande enzym. (mismatch rapair?)
|
|
Gamma poly
|
utför DNA-replikation i mitokondrier
|
|
Delta poly
|
huvudsakliga polymeraset i eukaryoter, interagerar med PCNA (proteinet som hjälper Pol delta att fästa vid DNA-strängen). Gör laggingstrand.
|
|
Epsilon poly
|
gör leadingstrand.
|
|
Prokaryot pol 1
|
Syntes, repair, proofreading, tar bort primern
|
|
prokaryot pol 2
|
Repair
|
|
Prokaryot pol 3
|
Huvudsakliga enzymet. alpha: polymeras aktivitet. Beta: clamper. y: clamp loader, lagging strand
|
|
prokaryot pol 4 och 5
|
Repair vid ovanliga fall
|
|
Pol Alpha
|
Polymiserarande gör primern i eukaryot, de 20 första nukleotiderna och byter ut primern
|
|
pol beta
|
Repair
|
|
pol delta
|
Polymeriserande, lagging strand
|
|
Pol gamma
|
polymeriserar mitokondriens dna-syntes
|
|
Pol epsilon
|
Polymeriserande, leading strand
|
|
Vilka faktorer krävs för eukaryot replikation, 13 st
|
Primas, SSB, dna ligas, topoisomeraser helikas, PCNA (clamp), FRC (clamploader) Cykling CDKs, Rnase H1, FEN-1, ORC, RAP, RFL
|
|
Vilka faktorer krävs för prokaryot replikation, 6 st
|
Polymeraser 6st, Primas, SSB, DNA-ligas, DNA-gyras( topisomeraser), helikas
|
|
Mitokondriens struktur
|
Omges av 2 membraner, yttermembranet har kanaler bildade av proteiner poring och släpper igenom molekyler mindre än 5kDa. Innermembranet är veckat och varje veck kallas cristae, innermembranet är genomsläppligt för de flesta molekyler framförallt joner, innehåller ATP-syntes
|
|
Mitokondriens innermembran struktur och funktion
|
Är veckat, varje veck heter cristae. Kardiolipin. Är i princip ogenomsläppligt för de flesta molekyler passagen sker nästa uteslutande via membranproteiner. Innermembranet har ATP-syntes (djupare cristae-->mer ATP-syntas) Det är proteiner i elektronsportkedjan och olika transportproteiner som transporterar molekyler ut och in ur mitokondrien.
|
|
Mitokondriens matrixs innehåll, 2st
|
x Där finns ezymer ingående i citronsyracykeln och b-oxidationen.
x Mitokondriens inre har också dna, ribosomer och andra proteiner som behövs för att transkribera och translatera mitokondriegenomet. |
|
Mitokondriens yttermembrans struktur
|
Yttermembraner har kanaler bildade av proteiner porin med en genomsläpplighet v molekyler mindre än 5 kDa
|
|
Eukaryota polymerasers funktion:
Alfa: beta: Delta: gamma: Epsilon: |
Alfa: Polymeriserande, gör primern de 20 första nukleotiderna (och byter ut primern?)
Beta: Repair Delta: polymeriserande på laggings Gamma: Mitokondriens DNA-syntes. Epsilon: Polymeriserande, leading strains |
|
Prokaryota polymeraser funktion:
I, II, III, IV och V |
I: Syntes, repair, proofreading, tar bort primern
II: Repair III: Det huvudsakliga enzymet IV: Repair vid ovanlia fall V: repair vid ovanliga fall |
|
RFC
|
Clamp loader
|
|
H1
|
Linker histone. Drar ihop nukleosomen, som en spärr på ett nystan
|
|
heterochromatin och euchromatin
|
hetero: dekondenserat, dvs löst packat
Eu: kondenserat, packat |
|
Holoenzym
|
Enzymer som behöver en kofaktor kallas när den inte har bundit någon sådan för apoenzymer eller apoproteiner. Ett apoenzym tillsammans med dess kofaktor(er) kallas holoenzym (den aktiva formen)
|
|
Kofaktorer
|
Kofaktorer kan antingen vara oorganiska (exempelvis metalljoner och järn-svavel-kluster) eller organiska (exempelvis flavin och hem). Organiska kofaktorer kan antingen vara prostetiska grupper, vilka binder hårt till enzymet, eller koenzymer, vilka frisläpps från enzymets aktiva säte under den kemiska reaktionens gång.
|
|
Hur binder Helikas till dnat m
|
Helikas aktiveras av energin från origin-orc-komplexet och fäster till dnat.
|
|
Hur bildas replikationsgaffeln?
|
Orc (origin recognition complex) binder till origin, orc bidrar med energi till helikas som också binder in och öppnar upp kedjan. SSB binder upp kedjan.
|
|
Vart fästes nya nukleotider vid replikation av dna och varför?
|
Nukleotiderna fästes på det 3e kolets hydroxylgrupp, man kan bara fästa där eftersom det är dennes hydroxylgrupp som gör en nukleofil attack på dNTP
|
|
Vad är det för bindning mellan nukleotiderna i dna?
|
mellan fosfat och sockret är det en fosfodiesterbindning som binder kovalent. Mellan baserna är det vätebindningar (3 mellan guanin och cytosin, 2 mellan adenin och tymin)
|
|
Clamp
|
Får polymeraset att fästa till polymeraset, sätts dit av en clamploader under hydrolys av ATP.
|
|
T-loop, varför finns dom
|
Bildas av telomererna, om inte telomererna fanns och bildade den här t-loopen skulle reparationsenzymer tro att strängen är ett brott i DNA-sekvensen.
|
|
Hur kan replikationen ske med så få misstag i form av mutationer? 3s
|
1. dna-polymeraset väljer nuklotid med en viss nogrannhet
2. Proofreading, dubbelkollar innan nästa nuklotid sätts dit att föregående var korrekt 3.miss-match repair, ett komplex läser av dna-kedjan och reparerar de ställen som basparat fel, klipper ort felet |
|
hur utför polymeraset proof-reading och återgärdar ev. fel?
|
Den dubbelkollar om något är fel, ifall det är det så avlägsnar den nukleotiden genom att backa ett sget och använda sin katalytiska site som tar bort den, i prok.
|
|
Kromosal translokation
|
Är en mutation som sker när genfrekvenser av två olika kromosompar byter plats, kan ge upphov till downs syndrom t.ex
|
|
Omvänt transcriptas
|
Är när enzym syntetiserar dna från en rna-mall. t.ex telomeras. retrovirus använder sig av detta, t.ex hiv som syntetiserar nytt egna dna bitar
|
|
Junk DNA
|
det som man förut trodde bara var skräp DNA men har visat sig ha olika regulatoriska funktioner och är viktigt för ihoppackning av dna
|
|
vad är prostetiska grupper?
|
En prostetisk grupp är en kofaktor som är mer eller mindre permanent bunden till ett enzym eller annat protein. är hårdare bundna än koenzymer – de kan till och med vara bundna med en kovalent bindning. En prostetisk grupp kan vara organisk (till exempel vitaminer, sockerarter eller lipider) eller oorganisk (till exempel en metalljon).
I de proteiner som har prostetiska grupper är de ofta nödvändiga för att proteiner ska fungera. enzymer kan ha prostetiska grupper i sitt aktiva centrum. |